第一：不宜網購
在這個全民皆“宅”的時代， 大多數喜歡網上購物的消費者都認為網上物品銷售價格往往比實體店便宜得多， 還會負責送貨上門， 十分方便， 但是矽藻泥這一類需求量身定做、專業施工的產品卻不適合網購。 一來網購消費者難辨真假， 二來網上購買矽藻泥店家不會派專業施工師傅進行裝修， 三來行業內知名品牌的產品均未設網上銷售點， 網上購買很難買到正品知名品牌， 而且當前網上銷售矽藻泥的商家大多沒有屬於自己的專賣店， 售後服務難以保證， 網購矽藻泥消費者維權投訴難。
第二：真假難辨
面對矽藻泥品牌林立的市場， 消費者往往難以辨別。 淨化室內空氣、呼吸調濕、防黴殺菌、除異味等矽藻泥所具有的基本功能不夠直觀， 並且很難界定效果的好壞， 外行人很難通過簡單地噴水等現場試驗分辨真假， 只有相對比較專業的人士才能系統的辨別， 並且淨化效果檢測更是需要專業設備及專業人員檢驗， 這樣的話， 矽藻泥好壞的鑒別就有了一定的難度。
第三：價格偏高
矽藻泥的施工需要專業的矽藻泥施工技師做各種紋理和花色、圖案， 其專業能力相對要求較高， 加之人員緊缺， 因此矽藻泥施工的成本較高，
第四：不好維護
矽藻泥本身具有多孔結構， 具有良好的吸附與物理交換功能， 不會主動吸灰， 不產生靜電。 如果半年或一年落上灰塵， 用雞毛撣子一撣， 灰塵就會自由落下， 如果有異物粘附， 用橡皮一擦不會留下任何痕跡。 但是， 矽藻泥不能用過於濕潤的毛巾反復擦拭， 矽藻泥具有較強的吸附能力， 可能會導致表面花紋圖案出現花色的現象。
第五：施工技術要求高
自己操作很難達到要求。 因為矽藻泥對牆面的要求比較高， 牆面必須平整、整潔、無脫粉現象， 並對牆面材料的吸水能力也有均勻、統一的要求， 不然會因為矽藻泥乾燥速度不一致產生花色現象， 並且要求在濕度低和通風良好的場所施工。 由於矽藻泥的多孔透氣， 若直接在水泥牆上做矽藻泥容易產生返堿、發花現象， 因此需要做底層封閉處理。 這會增加施工難度和可操作度， 必須要專業人員施工才能達到預期效果， 而目前專業的施工人員還是比較匱乏的， 只有真正的品牌企業才擁有自己的專屬施工團隊。
第六：適用區域局限
矽藻泥本身親水不耐水， 而且對油煙並不能吸收分解， 所以並不適合使用在衛浴間、廚房，
對於矽藻泥的缺點， 我們一定要理性對待， 裝修有價， 健康無價。 隨著工業化污染的擴大， 空氣品質迫在眉睫!矽藻泥雖然價格相對較貴， 也不是十全十美， 但是我們要看這個產品的核心價值所在。 無法主導大氣品質， 但是我們可以改善自己的家居環境， 為自己、為家人， 在健康上多一筆投資比什麼都划算。
