沙棘主要病害是幹縮病, 常見的害蟲有春尺蠖、蘋小卷葉蛾、沙棘蚜蟲和蛀幹害蟲柳蝙蛾等。
沙棘幹縮病是沙棘的一種嚴重的毀火性病害, 在栽植時應選擇抗病品種, 同時加強田間管理, 定期鬆土, 增強土壤通透性, 提高植株的抗病能力, 防止沙棘的根和地上部分受到嚴重的機械損傷, 杜絕病源菌的入侵途徑。 化學防治是在4月下旬開始, 開穴澆灌40%多菌靈膠懸劑500倍液或甲基托布津800倍液, 每月1次, 連續3~5次。
在春尺蠖、蘋小卷葉蛾害蟲發生期用25%滅殺斃2500倍液或20%速滅殺丁3000倍液噴灑;防治沙棘蚜蟲可噴灑10%吡蟲啉2500~3000倍液。