金橘的常見病害為根腐病, 大多是由於土壤清水引起的, 盆栽者爛根的比較多, 宜注意排除地下水, 盆栽時宜苗盆相稱, 盆土不能過濕, 以增強樹勢, 減少發病率。 初發生時, 可適當節水、排水;嚴重時很難恢復, 可及早除去病株, 加強鍵株的管理。 其他病害有炭疽病、樹脂病, 但較少發生, 可按一般植物的病害預防措施, 經常噴灑波爾多液、800信代森銨、2000倍甲基拖布津等藥劑預防。
金橘常見的害蟲有紅、黃蜘蛛刺吸枝葉樹液, 6-9月發生最盛, 嚴重損傷樹勢, 可噴布波美0.3度石硫合劑, 或1000倍40%樂果乳劑加800倍80%敵敵畏乳劑,
另外, 有一種潛葉蛾廣泛危害柑桔的嫩枝嫩葉, 金橘也易遭受其危害, 以夏、秋梢發生期危害最盛, 可在新梢萌發一釐米長時, 噴射生物農藥蘇雲金桿菌或殺瞑桿菌的1000倍液, 效果特佳, 且可防止果實污染。