由於日常生活中毛巾的使用非常頻繁， 毛巾上常常沾染有人體分泌物， 這其中就有許多的致病性微生物， 如沙眼衣原體金黃色葡萄球菌淋球菌及黴菌等， 因此， 應每星期消毒。 消毒方法有以下幾種：蒸煮消毒法， 把毛巾先用開水煮沸10分鐘左右， 然後再用肥皂水清洗， 晾乾後就可以使用了。
微波消毒法， 將毛巾清洗乾淨， 折疊好後放在微波爐中， 運行5分鐘就可以達到消毒目的。
高壓蒸氣消毒法， 將毛巾放入高壓鍋中， 加熱保持30分鐘左右， 就可以殺滅絕大多數微生物。
化學消毒劑消毒法， 消毒劑可以選擇稀釋200倍的清洗消毒劑或0.1%的洗必泰。 將毛巾浸泡在上述溶液中15分鐘以上， 然後取出毛巾用清水漂洗， 將殘餘的消毒劑去除乾淨， 晾乾後就可以再次放心地使用了。
毛巾變硬主要是水中游離的鈣鎂離子與肥皂結合， 生成鈣鎂皂粘附在毛巾上而造成的， 長時間的污垢殘留積累也是變硬的一個原因。 要使其變軟， 可以在1.5千克水中加30克純鹼或適當柔軟劑煮10分鐘即可。 毛巾變油膩後， 可用鹽水洗。
